Da Vorbeugen besser ist als heilen, kommen auch in der Veterinärmedizin verschiedene Impfungen zum Einsatz. Wichtig sind vor allem die Impfungen gegen Tetanus, Influenza und Herpes.
Zuchtstuten werden anders geimpft als Sportpferde, da sie in der Regel weniger Kontakt zu Krankheitserregern haben. Gegen Tetanus und Influenza wird daher nur jährlich geimpft. Der ideale Zeitpunkt, eine Zuchtstute jährlich mit dieser Kombination zu impfen, ist einen Monat vor dem errechneten Geburtstermin. Dadurch wird auch das Kolostrum für das Neugeborene gezielt mit Antikörpern gegen Influenza und Tetanus angereichert, denn Fohlen kommen im Gegensatz zu Menschen ohne Abwehrstoffe zur Welt, weswegen die Aufnahme des Kolostrums so wichtig ist. Antikörper gelangen nämlich nicht durch die Plazenta zum Embryo, sondern müssen mit der ersten Muttermilch aufgenommen werden. Dies ist auch der Grund, warum eine tragende Stute jährlich und nicht nur alle zwei bis drei Jahre auch gegen Tetanus geimpft werden sollte.
Die Herpesimpfung verspricht nicht nur, den Infektionsdruck eines Bestandes gering zu halten, sondern schützt darüber hinaus auch vor einem Virusabort. Herpesimpfungen sind im fünften, siebten und neunten Trächtigkeitsmonat möglich.
Im ersten Drittel der Trächtigkeit sollte gar nicht geimpft werden, um Schädigungen des Embryos zu vermeiden.